כתב הרמב”ם בספר המצוות (מצות עשה קפז): והמצוה הקפ”ז היא שצונו להרוג שבעה עממין ולאבדם. שהם היו שורש עבודה זרה ויסודה הראשון. והוא אמרו יתעלה (שופטי’ כ יז) החרם תחרימם. ובאר לנו בהרבה כתובים (שם יח משפטי’ כג לג וס”פ ואתחנן ז ד) שסבת זה כדי שלא נלמד מכפירתם. והנה באו כתובים רבים (שם ובל”ת מח – ט) לזרז על הריגתם ולחזק בזה. ומלחמתם מלחמת מצוה.
ואולי יחשוב חושב כי זו מצוה שאינה נוהגת לדורות אחר ששבע’ עממין כבר אבדו. וזה אמנם יחשוב אותו מי שלא הבין עניין נוהג לדורות ואינו נוהג לדורות. וזה כי הצווי שנגמר בהגיע תכליתו מבלתי שיהיה זה תלוי בזמן ידוע לא ייאמר בו אינו נוהג לדורות אבל הוא נוהג בכל דור שימצא בו אפשרות הדבר ההוא. התחשוב כשיאבד השם יתעלה זרע עמלק לגמרי ויכריתהו עד אחריתו כמו שיהיה במהרה בימינו כמו שהבטיחנו יתעלה (ס”פ בשלח) כי מחה אמחה את זכר עמלק [הנאמר אז שאמרו יתעלה (שבמ’ קפח) תמחה את זכר עמלק] אינו נוהג לדורות. זה לא ייאמר, אבל הוא נוהג בכל דור ודור כל זמן שנמצא מזרע עמלק מצוה להכריתו. וכן להרוג שבע’ עממין ולאבדם צווי נצטוינו בו והוא מלחמת מצוה ואנחנו מצווים לחטט אחריהם ולרדפם בכל דור ודור עד שיכלו ולא ישאר מהם איש.
וכן עשינו עד אשר תמו ונכרתו על ידי דוד ונתפזרו הנשארים ונתערבו בין האומות עד שלא נשאר להם שם. ולא בעבור שנכרתו תהיה המצוה שנצטוינו בה להרגם אינה נוהגת לדורות כמו שלא נאמר במלחמת עמלק אינה נוהגת לדורות ואפילו אחר כלותם ואבדם. מפני שאלה המצות אינן נקשרות בזמן ולא במקום מיוחד, כמו המצות המיוחדות במדבר (הנז’ שרש ג) או במצרים, אבל הם נקשרות בו כל זמן שיימצא שיהיה איפשר בו הצווי ההוא. עכ”ל.