מקורות ונימוקים:
כתב רבי אליהו – רוגלר (סי’ סו) שאמירת קדיש על אב ואם, הוא מהדברים שעומדים ברומו של עולם וכמו שאמרו בקידושין (לא:) מכבדו בחייו ומכבדו במותו, והקדיש לא ניתן למחילה, וגם אם יתן איש לו כל הון ביתו וכל העושר שבעולם, לא ניתן הדבר למחילה, וכל אב מקווה לזה. ואין גנאי גדול מזה שבן אינו חושש לומר קדיש על אביו, ואמירת הקדיש הוי כמצוות עשה של תורה, ואף על הספק יש לחייב את הבן לומר קדיש שאין לך כבוד גדל מזה שיזכה אותם לגן עדן. עכת”ד.
וכל דיני אבלות ואנינות ואמירת הקדיש אינם תלויים במי שמכיר את אביו, אלא אפילו נפטר אביו בעודו מעובר או כשאביו לא רצה להכיר את הבן משום סיבות שונות, עדיין זהו אביו לכל הדינים וההלכות. ואדרבה בכך מקיים מצווה גדלה יותר שעושה לשם שמים, והקב”ה בודאי יחזיר לו טובה על כך בעולם הזה ובעולם הבא.
ועי’ בספר חזון עובדיה ח”א (עמוד שנט) שכתב מרן זצוק”ל שאפילו גר צדק שמתו הוריו ואין הבן מבחינה הילכתית מתייחס אליהם, עם כל זאת יאמר קדיש עליהם לפי שהם גרמו לו להסתפח בנחלת ה’ ולהכיר בדת האמת. כל שכן בנידון דידן.