מקורות ונימוקים:
פסק מרן השולחן ערוך (סי’ ד’ סעיף יז) המשהה נקביו, עובר משום בל תשקצו. ואין חילוק בזה בין משהה לגדולים או לקטנים, וכמבואר במשנה ברורה (ס”ק לא) ואדרבה, בקטנים עובר גם משום “לא יהיה בך עקר”.
אולם מאידך יש חשש של נגיעה במקומות המכוסים קודם שנטל ידיו שרוח רעה שורה עליהן ובפרט אם מקנח עצמו וראה עוד בשו”ע (סי’ ד’ סעיף ד’).
ודעת המשנה ברורה (סי’ ד’ סק”ד) דטוב שלא יברך על נטילת ידיים עד שיטול ידיו פעם שניה אחר שיצא מבית הכסא מכיון שאינו יכול לברך בעוד שתריך לנקביו. ע”כ. גם בבן איש חי (פר’ ויצא אות ב) כתב, מי שקם משנתו בלילה, וצריך לעשות צרכיו, יעשה נטילת ידיים כהלכתה, ויעשה צרכיו, ואחר כך יברך על נטילת ידיים, ורק שלא יפסיק בדברים. ע”כ.
ואמנם דעת מרן הרב עובדיה יוסף זצוק”ל אינה כן, אלא שמותר לילך לבית הכסא לעשות צרכיו קודם הנטילה, הוב”ד ילקוט יוסף השכמת הבוקר (הערות סימן ד’ – דיני נטילת ידים שחרית אות מ).
ונראה מילתא דשווה לכולי עלמא, דאם מרגיש שצריך מאד לנקביו, אין לו להחמיר על עצמו ולשהות עד שיטול ידיו, אלא יפנה קודם שיטול ידיו, כדי שלא יעבור על איסור בל תשקצו. אך יזהר שלא יגע באבריו [מה שאינו הכרחי] עד שיטול ידיו. ואם אינו צריך כל כך לנקביו, [ואינו בגדר של בל תשקצו], יחמיר על עצמו ויטול ידיו קודם שהולך לשירותים, וכן הסיק בילקוט יוסף שם, ובשו”ת אור לציון ח”ב (פ”א אות ג’)