מקורות ונימוקים:
בנוגע לזמן מצוות הנחת התפילין פסק השולחן ערוך אורח חיים סימן ל”ז סעיף ב’ בזה”ל: מצותן להיותם עליו כל היום, אבל מפני שצריכים גוף נקי שלא יפיח בהם ושלא יסיח דעתו מהם, ואין כל אדם יכול ליזהר בהם, נהגו שלא להניחם כל היום. ומ”מ צריך כל אדם ליזהר בהם להיותם עליו בשעת ק”ש ותפלה.
ובמשנה ברורה שם סימן ל”ז ס”ק ו’ כתב לבאר שכל הקורא ק”ש בלא תפילין כאלו מעיד עדות שקר בעצמו. משום כך הוא העניין להניח דווקא בשעת קריאת שמע.
והוסיף המשנה ברורה, שאם לא נזדמן לו תפילין בשעת קריאת שמע ותפילת שחרית, כל היום זמנו ומחויב להניחן עכ”פ כדי שלא יבטל יום אחד ממצות תפילין.
לפיכך בנידון השאלה על מי שלא הספיק להניח תפילין בשחרית האם יניח תפילין במנחה ויתפלל יחיד, התשובה היא שמי שלא הספיק להניח תפילין בשעת קריאת שמע ותפילת שחרית, יניח תפילין מיד כאשר יוכל ויקרא בהן קריאת שמע. וזריזין מקדימים למצוות ולא ימתין עד לשעת תפילת מנחה.
על אחת כמה וכמה, אין להפסיד בשביל כך את תפילת מנחה בציבור שתועלתה מרובה וגדולה.
ואף לעניין הנחת תפילין בתפילת שחרית, שהוא עניין גדול שיהיה מעוטר בתפילין בשעת קריאת שמע ותפילת שחרית, כתבו הפוסקים שאם אינו בטוח שיכוון היטב בתפילתו, עדיף שיתפלל בציבור ללא תפילין, מאשר שיתפלל יחיד עם תפילין. ועיין בזה בדברי הילקוט יוסף קיצשו”ע הלכות תפילה בציבור סימן צ’ סעיף י”ב שהעלה כן.