מקורות ונימוקים:
כתב המגן אברהם (סי’ נד סק”ג) בשם הרמב”ם שאין אומרים קדיש דרבנן אלא על האגדה משום הכי נוהגים לומר אחר במה מדליקין, אמר ר”א אמר ר”ח וכו’, ע”כ. והובא בקיצור שני לוחות הברית. וסיים: על לימוד המשניות או התורה שבעל פה יאמרו אחר כך רבי חנניא בן עקשיא וכו’, ואז יוצאין לכל הדיעות לומר קדיש דרבנן. וכן ראוי לנהוג על כל לימוד. ע”כ. ובאמת שכן כתב הרמב”ם בסוף פרקי אבות, וז”ל: רבי חנניא בן עקשיא אינו מן הברייתא אלא סיום נאה הוא, ונהגו העם לאומרו בסיום הפרקים לפי שאין אומרים קדיש על המשנה אלא על האגדה שאמר מר, ויהא שמיה רבא דאגדתא (סוטה מט א). עכ”ל. אבל בחיבורו, בסידור התפלה כתב: קדיש כל עשרה מישראל או יותר שעוסקים בתורה שבעל פה, ואפילו במדרשות או בהגדות כשהן מסיימין אומר אחד מהן קדיש בנוסח זה, יתגדל ויתקדש שמיה רבה דעתיד לחדתא עלמא וכו’, על רבנן ועל תלמידהון ועל תלמידי תלמידהון וכו’, וזהו הנקרא קדיש דרבנן. ע”כ. ועיין במשחא דרבותא (סימן נד) מה שכתב בדעת הרמב”ם, דיש לחלק אם מבינים הלימוד דאז אומרים קדיש על הגמ’, אבל שאר המון העם שאינם מבינים בגמ’ ובמשניות וגם הת”ח שלומדים המשנה בלא פירוש אלא מחזירים לשון המשנה, לא שייך לומר הקדיש אלא בעבור המשנה רבי חנניא בן עקשיא וכו’, שהיא אגדה שמבינים אותה, ולכך העולם עומד על קדיש זה שיש בו שני דברים, על לימוד התורה וקידוש השם בעשרה.
וע”ע במ”ב (סי’ נ”ד סק”ט).