מקורות ונימוקים :
“וּנְתַתֶּ֣ם אֹתָ֔הּ אֶל־אֶלְעָזָ֖ר הַכֹּהֵ֑ן וְהוֹצִ֤יא אֹתָהּ֙ אֶל־מִח֣וּץ לַֽמַּחֲנֶ֔ה וְשָׁחַ֥ט אֹתָ֖הּ לְפָנָֽיו” במדבר י”ט ג’.
על פסוק זה כתב רש”י לבאר, כי דווקא אלעזר הכהן יוציא אותה אל מחוץ למחנה וישחוט אותה, הואיל ומצוותה בסגן.
מאידך רש”י על פסוק י”ט שם כותב בזה”ל:
והניח מחוץ למחנה – לשלשה חלקים מחלקה, אחד נתן בהר המשחה, ואחד מתחלק לכל המשמרות, ואחד נתן בחיל. זה של משמרות היה חוץ לעזרה ליטול ממנו בני העיירות וכל הצריכין להטהר, וזה שבהר המשחה כהנים גדולים לפרות אחרות מקדשין הימנו, וזה שבחיל נתון למשמרת מגזרת הכתוב, שנאמר והיתה לעדת בני ישראל למשמרת.
מבואר בדברי רש”י לכאורה כי הכהנים הגדולים עוסקין במצוות הפרה אדומה, ולא הסגן, ולכאורה סתירה היא בדברי רש”י.
ליישב קושיא זו כתב הברטנורא בפירושו על רש”י בזה”ל:
והניח מחוץ למחנה לג’ חלקים מחלקה וכו’ עד כהנים גדולים העוסקים לפרות אחרות מקדשין הימנו. פי’ כי כשהיו רוצין לעשות הפרה אדומה היו נוהגין בה מעלות רבות בטהרתה כדאי’ במסכת פרה ואחד מהן הוא שהיו הכהנים העוסקים בה מתקדשים באפר הפרה הישנה אעפ”י שלא היו צריכין לכך כדאית’ התם.
ואעפ”י שכתב רש”י לעיל מצוותה בסגן וכאן כתב כהנים גדולים העוסקים בפרות אחרות שנראה שהכהנים גדולים היו עוסקים בה. י”ל שפרה זו של משה בלבד היא, שמצותה בסגן דלא נתנה עבודתה לאהרן הכהן הגדול, מפני חטא העגל כמו שפי’ רש”י בסמוך. אבל הפרות האחרות הכהנים גדולים היו עוסקים בהם.
ויש נוסחאות שאין כתו’ בהן גדולים אלא כהנים העוסקים בפרות אחרות דסבירא להו שגם כל הפרות מצותן בסגן כמו זו של משה במדבר, ע”כ.
מבואר בדברי הברטנורא, ב’ דרכים ביישוב הקושיא, בדרך הראשונה כתב ליישב את הגרסא שלפנינו ברש”י, ולחלק בין הפרה אדומה שבזמן משה רבינו לבין הפרה אדומה של שאר הדורות שמצוותן נעשית ע”י הכוהנים הגדולים.
בדרך שניה כתב ליישב על פי נוסחאות אחרות שאין כתוב בהם כהנים גדולים, אלא כהנים העוסקים בפרות אחרות, וניתן לומר דהיינו הסגן, ולא הכוהנים הגדולים. וטעם הדבר שנשתנו שאר הפרות האדומות מהפרה האדומה שבזמן משה רבינו, הואיל ורק על אהרון הקפידה תורה שלא יעסוק בפרה אדומה בגלל הקטרוג מחטא העגל, ולא על שאר הכוהנים הגדולים.